A intenção de criar um Museu Nacional de Etnologia surgiu após a realização de uma exposição, em 1959, que apresentou o resultado de vários trabalhos investigação desenvolvidos em Moçambique, pelo Centro de Estudos de Etnologia. O espaço museológico foi criado em 1965, com o objetivo de representar as culturas dos povos do globo, não se restringindo apenas a Portugal e aos domínios ultramarinos (que, à data, ainda se encontravam sob a sua administração).
O edifício onde atualmente se encontra instalado o Museu Nacional de Etnologia foi desenhado pelo arquiteto António Saragga Seabra, e inaugurado em 1976. Posteriormente, o edifício foi ampliado, sendo criados diversos outros espaços de apoio: biblioteca/mediateca, duas áreas de reserva (onde foram inauguradas as Galerias da Vida Rural e as Galerias da Amazónia, em 2000 e 2006, respetivamente) e o jardim envolvente.
No espaço podem ser visitadas sete exposições rotativas: o teatro de sombras de Bali; as bonecas do sudoeste de Angola; as tampas de panelas com provérbios de Cabinda; máscaras e marionetas do Mali; instrumentos musicais populares Portugueses; as talas de Rio de Onor (núcleo dedicado a um objeto) e a escultura de Franklim (núcleo dedicado a um autor). Assinala-se ainda que, em 2006, integrou também a coleção do antigo Museu de Arte Popular.
O Museu Nacional de Etnologia é um Museu diferente, que opta por diversidade em vez de uma exposição permanente. Dispõe de quatro espaços onde podem ser realizados eventos, designadamente um auditório, duas salas de seminário e um jardim interior, adequado para atividades ao ar livre ou cocktails.